La Sala de Reconocimiento de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) ha declarado al río Cauca como víctima del conflicto armado, específicamente entre 2000 y 2004, cuando el Bloque Calima de las Autodefensas lo utilizó sistemáticamente para desaparecer personas. El magistrado Raúl Sánchez Sánchez destacó que miles de cadáveres fueron arrojados al río, convirtiéndolo en una fosa común, afectando su ecosistema y la relación de numerosas comunidades con la naturaleza. La determinación se basó en solicitudes de varios Consejos Comunitarios, quienes señalaron que el río, al igual que ellos, fue maltratado y víctima de los actores armados, especialmente en sectores como Buenos Aires, Cauca.