Con el fin de cumplir con su misión, la Fundación Paz & Reconciliación ha desarrollado una serie de actividades, entre las que se incluyen: la promoción de la participación ciudadana, el fortalecimiento de la organización social, la  promoción de la cultura democrática, el apoyo al tejido social, la protección del medio ambiente, la promoción de la equidad de género, la construcción de una convivencia ciudadana, la defensa de los derechos humanos, la asistencia a las víctimas del conflicto, la protección de los derechos de la infancia y la adolescencia, así como el fomento de la memoria histórica.