La acusación también expuso las presuntas inconsistencias en el batallón de Mejía, incluyendo ausencia de firmas en la documentación, falta de actas de gasto de munición y presuntos fraudes judiciales por parte de funcionarios de la justicia penal militar. Se criticó la omisión de la justicia penal militar en investigar los crímenes y se mencionó la responsabilidad penal del coronel José Pastor Ruiz Mahecha, quien conocía y participaba en los planes criminales de Mejía y sabía de las alianzas con las Autodefensas.